北宋初年，福建东海一带常常闹海灾，渔民伤亡惨重。此事经赤脚大仙奏明玉帝，请求加封一位海神，统管海上救生诸事宜。在王母娘娘的支撑下，赤脚大仙于莆田湄洲岛发现了侠义、仁慈有德行的
林愿，并请
观音菩萨赐林妻怀孕，十四个月后产下一女孩，取名默娘。此女出世后聪明无比，更揣仁慈济世之心。菩萨和大仙甚喜，相约背地里收她为徒，逐渐教她医术、预测、观天象等法力，以便将来能承担海神之重任。
海面上的很多灾难均与东海龙宫二王子
睚眦有关。睚眦是个穷凶极恶的家伙，他偷炼乾坤大法，妄图称霸东海，不想造成昏倒现出原形，被渔民捕获。幸亏少年默娘心胸仁慈之心，缠着哥哥把睚眦赎下放生，睚眦获救后，不思酬谢，反而煞费苦心迫害渔民以图报复，他手下的海妖
晏公各样扰民，林愿只好求知县汪施旗请玄通道长降妖。不想玄通修行过浅，反被晏公逃脱，汪施旗的儿子也被晏公报复，变成瘸子。
东海龙王
敖广年老体弱，病魔缠身，在妃子的迷惑下，他渐生退隐之心，然而在二子睚眦和四子
狴犴中犹豫不定。睚眦得知，决定除去心地仁慈的竞争对手四弟狴犴。可狴犴有法力出众的龟将军护卫，欲除狴犴就必须先杀龟将军。睚眦便率心腹围杀龟将军。龟将军慌乱败走东海，下落不明。
默娘得到赤脚大仙赠送的铜符，日夜苦读，渐至佳境，只觉全身灵性依靠，法力涌动。观音菩萨也送给她一对赋有法力的银手镯，此二宝成了她的随身法器。后来，每当海上有人遇险，默娘的脑际就有红光旋绕，所以，她的元神便飞向事发海域，护船救人。默娘看气候非常灵验，深得街坊信赖，可就在此刻，海妖俄然报复，默娘的哥哥和卢子贵家的两个儿子均死于海难中。卢子贵等把儿子的逝世归罪到默娘身上。默娘从哥哥的逝世中，感受本岛必须有医生，她向爸爸借钱，预备行医，终究感动了爸爸妈妈，并支撑她的工作。
邻岛呈现瘟疫，渔女桂花全家死于船上。乡民恐惧于瘟疫的传染，在卢子贵的倡议下，要把桂花活焚以绝传染源。而默娘仁慈公理的母亲王氏决然挺身而出，保护了桂花。默娘决意去魔岛取海妖关照下圣水，结果与海妖斡旋耽误了机遇，桂花获救，王氏终因染病太深而死。默娘将圣水遍施诸岛，救活了附近的渔民。
在一次与海妖斡旋中，默娘救下了官船，为首的统帅为朝廷使臣
吴宗伦。吴宗伦事后登门称谢，两人相谈甚欢，默娘经吴宗伦指点，知道了很多外面的大事。两个年轻人的往来惹起了默娘两小无猜伙伴杨生全的吃醋，杨一贯单相思，恋着默娘，而默娘专心救人济世，从未想过自个的终身大事。
占据在黑甲岛上的海盗抢货劫财，林愿面见泉州知府汪施旗，求他派兵歼灭海盗。与海盗暗有勾通的汪施旗拒不出动军队，还假设运送军械，请默娘护航，默娘欣然容许。默娘斗败海妖，将船舶安全运抵码头，居然发现满船是粮食，本来汪贼借机囤积粮米要发匪难财。默娘大怒，带领百姓把粮食抢分。汪施旗恼羞成怒，规划把默娘桂花投入监狱，要判死刑，时期是想逼默娘嫁给他的儿子汪小凡。为了救小妹，五姐林妙珠容许嫁给汪小凡。
妙珠出嫁后，知道老公汪小凡非可是个瘸子，而且性格暴躁，常常打骂她。妙珠从公爹嘴里得知，汪小凡的腿本来是她爸爸惹的祸源，出于对汪家的愧疚，她委曲求全，期望能以真情感化老公，然后取得一份真实的日子。
睚眦的篡位愿望不断升级，最终联合心腹把亲朋友狴犴杀死在了海里，高手对决导致巨大海难，默娘参与许旺盛的婚礼喝醉了，尽管飞去海上出事现场，然而，功力缺乏，眼看杨生全葬身海底。她带着杨生全的爸爸妈妈找回杨生全的尸身，走运的是，杨生全竟又奇迹般地活了过来。杨生全九死一生，却因受刺激而大脑失去了回忆，这让默娘和杨家夫妻各样无奈。
狴犴死后，龙王沉痛加警戒，只字不提退隐之意。睚眦设法借龙王之名加害人类，死的人越多，人类就越恨龙王，早晚有一天惊扰天廷，玉皇大帝定将龙王废弃，在东海重封新主，凭睚眦的实力自然是不贰之选。所以，他对心腹命令打开杀人举动。一次与海妖搏斗时，功力尚浅的默娘在与海妖打斗时受重伤。
曾做过都巡检的林愿安排数百乡民征伐海盗，但遇上海盗二寨主毒爪王，抓伤林愿及多名乡民。面临伤病，默娘束手无策，由于这种毒只要长在深海之底的散害草才干彻底治愈。杨生全见到“毒爪王”留下的共同伤口，心惊胆战。他回身离去，不多时，采来散害草救了受伤的乡民。默娘非常纳闷，杨生全怎能敏捷从深海采来奇药？联络杨生全的各种奇怪体现，默娘置疑此杨生全已不是彼杨生全。
水怪晏公突击卢三媳妇和她五岁的儿子，为默娘救下。卢三媳妇感念林姑娘大恩，要为默娘建生祠，此举得到乡亲们的赞同。小气、自私成性的卢子贵也转变了情绪，将当年林洪毅赎怪鱼的银锁送还默娘的嫂子。
默娘独闯黑甲岛，直捣海盗巢穴。毒爪王将默娘打败，并点她的穴道。重要时杨生全一路杀来。现出东海四王子狴犴的形象。本来毒爪王是龟将军，面临新旧主人，他总算奉劝浪里飞投降。浪里飞见势不妙，使出暗器击倒龟将军，并趁机从暗道逃脱。
在狴犴和三寨主周建立的帮忙下，默娘将海盗解散，鼓舞他们回乡做循规蹈矩的布衣。整理资产时，发现海盗集团历年向知府汪施旗受贿的账册，后来，默娘将账册交给了吴宗伦，吴宗伦非常震动，火速进京，将账册托人转送朝廷。
狴犴隐瞒不住，遂向默娘道出真情，他为避朋友自相残杀的结局，只能借杨生全的身份偷生。如回去，必死在睚眦之手，因而不知何从。假杨生全的爸爸妈妈得知所谓的儿子竟是东海的四王子，对他尊贵的身份、出众的法力敬畏有加，再也无法把他当儿子对待，而是毕恭毕敬地当祖先供着。假杨生全觉得在杨家不只不能为再生爹娘尽孝，反倒给他们添了负担和压力，不久，他留下书信一封，不辞而别。
默娘的婚事成了全家的心病，倾慕者不断景仰前来。默娘立志毕生不嫁做个像观音菩萨那样救苦救难的圣者。已辞官回到莆田县的吴宗伦决然向默娘求婚，确保默娘可以婚而不嫁，只做他名义上的老婆，同房不同床，以保全她的圣洁之躯，一起可消除默娘来自家庭、外界的压力和没休没止的求婚烦恼。默娘甚是感动，很快容许与吴宗伦成婚。
睚眦及手下制造了数起海难之后，觉得小打小闹地杀人，缺乏以导致天廷盛怒而降罪龙王。为尽快攫取东海王位，他又施新的毒计，向龙王假表孝心，说他想在无名岛上为父王建一座陆地行宫，有利父王龙体健康，不明真相的龙王欣然接受。睚眦率心腹从海上强掠大批渔民到无名岛上建筑行宫，待行宫修好后再将所有建筑者葬身鱼腹。然后他向天廷告密，将此罪嫁祸龙王，而到时他会因告密有功水到渠成被立为东海新主。随即，他命令海妖嘉应、嘉佑率一批虾兵蟹将担任工程建筑事宜，其他手下随他去海上掠人。
很多渔民出海后失踪，默娘便假扮男人，成心被掠到无名岛，强逼做劳役。她发现工地有上万民夫，也见到了许旺盛、卢三等街坊和海盗寨主浪里飞。浪里飞此刻已被嘉应、嘉佑任命为监工。默娘吩咐乡亲们耐性等待，她会想办法救他们回去。
默娘深感这种假夫妻有误于吴宗伦，便有意促成吴娶桂花为二房。但吴宗伦心中只要默娘，所以各样推诿，乃至编出假生辰八字以断桂花的心思，他的崇高品行让默娘既感动又愧疚。
吴宗伦把匪岛的依据交给朝廷，皇上降旨，将汪施旗收监问斩，命吴宗伦为泉州知府。此刻，敌兵大举侵我边境，皇上命徐大人率兵征讨。睚眦取得音讯，乘龙王不在时，集结重兵进行突击。默娘得信息后当即飞到海面救险，半路遇上晏公祸患渔民，默娘打败晏公，对方却死死拖住她不放，并告诉她，假如救人，会有阴险。默娘哪里会信，将晏公打倒在地，决然赶赴出事海面。通过一番苦斗，默娘救下官船，但在海滩上又遭受睚眦及其喽啰的攻击，终因寡不敌众，默娘倒在沙滩上。待菩萨和大仙赶到时，她已没了呼吸……菩萨和大仙封住默娘的灵魂，然后由大仙去玉帝面前为她请求海神封号，却遭到四海龙王联手对立。默娘的死讯传来，惊扰了四面八方信众，纷繁出资为她建庙，香火直冲九天，感动玉皇大帝和王母娘娘，总算同意加封默娘为海神，封号妈祖。
默娘变成海神后，愈加勤奋为民造福，她先后收伏高里鬼、晏公、乃至还有外国的莫尔斯等海妖、鬼怪，教化他们改恶从善，将来变成她水阙仙班的成员，帮忙她保证海上安全。在妈祖的感化下，这些恶神们大有改观，逐渐洗心革面，变成妈祖的胳膊。此刻才知道，汪小凡乃是水怪晏公所化，杀死汪小凡所化，他偕妙珠带孩子去监狱探望汪施旗，并认汪为爸爸，汪在一番忏悔后死在狱中。
妈祖变成海神后，与吴宗伦联络频频，人间仙境彼此携手，为民造福。时遇家园一带大旱成灾，妈祖亲身向雨神求雨，没想到，雨神一贯自以为是惯了，居然捉弄妈祖，许诺时间并不降雨。妈祖靠自个的才智，在玉帝面前力陈，强逼雨神为家园解了干旱之苦，又改匪岛为开垦区，安顿外乡流入哀鸿，并亲种蔬菜以解哀鸿当务之急，留下了菜子屿的称号和一段美谈。
妈祖屡派部下深化无名岛，摸清睚眦一伙建行宫的诡计，并靠王母的留音石取得依据。睚眦一伙到底侦知了狴犴落发为僧的行迹，为斩草除根，他率领部下追杀同胞朋友，妈祖再次赶到，危殆中救下了狴犴。狴犴表示不再回龙宫，他要跟随妈祖做一番工作。睚眦为防无名岛工程泄密，教唆力大无穷的六弟将台湾岛背到远离内地的地方，吴宗伦和妈祖合力创造了天钉，把宝岛牢牢拴住。敌军被吴宗伦大军逼退到顺风岛上，借火炮反击，使我军陷入下风。关键时间，妈祖呈现在敌军阵前，以大仁大德之辞斥退敌将军，率兵退出侵吞中国岛屿，而吴宗伦在抗击侵略敌兵时，英勇杀敌，最终中敌箭壮烈牺牲。
睚眦在无名岛行宫竣工之夜，指派部下将民夫悉数沉海，工作走漏后，又指派爪牙在海面沉船，民夫纷繁落水，妈祖一方面率众解救，一起回到娘家，压服爸爸与嫂子，把房子点着，以灯塔的作用给落水的难民指引方向。林家的大义之举感动了乡亲们，我们纷繁出力，帮助林家重建家园。
妈祖将睚眦侵等人的罪过向玉帝禀报，让伪君子受到了应有的赏罚。在人证物证面前，睚眦一伙均无可抵赖，受到了天律的严惩。妈祖的水阙仙班得以顺畅组成，她持续带领部属们，巡逻在辽阔的海面上。
吴宗伦被封为抗敌英豪，妈祖也屡朝受封，她的业绩传遍国际。
